A região é um refúgio ecológico marinho, protegido das correntes oceânicas e de grandes predadores, o santuário abriga muitas espécies de peixes, aves, baleias, tartarugas, corais e moluscos.

Uma das espécies freqüentadoras da região, são as baleias Jubarte, com até 15m e 30 toneladas. Além das baleias, cerca de 160 espécies de peixes tropicais, como badejos, frades, budiões, badejos, barracudas e outros.

A farta riqueza de flora e fauna marinha oferece diversa alimentação para aves migratórias que, devido à localização privilegiada do arquipélago transformaram a região num berçário natural para suas espécies, entre as principais aves temos atobás, Benedito, grazinas, fragatas, trinta-réis e muitos outros.