A primeira coisa que tem que ser dita quando se fala de Guarujá é que são duas cidades num mesmo município situado na Ilha de Santo Amaro. Ao sul da ilha estão as praias, o comércio sofisticado, os apartamentos de veraneio e toda a rede hoteleira. É lá que se concentram todos os veranistas e uma pequena parte da população da cidade. É o centro turístico da cidade. Está parte é conhecida como o Guarujá.

Ao norte da ilha fica Vicente de Carvalho, ou como a população da cidade prefere chamar, o Itapema. Lá se concentra a maior parte da população, bem como todo o comércio "pesado". Este é o centro comercial. Em Vicente de Carvalho está o porto de Conceiçãozinha, a base aérea de Santos e as indústrias da cidade. A avenida Santos Dumont faz a ligação entre as duas cidades.

A colonização da ilha surgiu junto com a própria colonização do Brasil. Deve-se lembrar, que a cidade de São Vicente é a mais antiga do Brasil, fundada em 1532. Graças à proximidade logo começou a ocupação da Ilha de Santo Amaro.

Em 1540, surgem os dois primeiros povoados na ilha para exploração da cana de açúcar. Porém, os ataques dos índios impedirem o sucesso desta colonização. Em 1952, foi construído às margens do Canal de Bertioga, a Fortaleza de São Felipe, com o intuito de defender a região de ataques de piratas.

Entretanto, não foi possível firmar gente para trabalhar lá, hora por causa de ataques dos índios, hora por obra do acaso, que fazia com que a fortaleza servisse de tudo, menos de fortaleza. Foi restaurada no século XVIII e funcionou até o final do século XIX, desativada após a Proclamação da República. Serviu na Revolução de 32 como centro de comunicações, sendo esta sua última função. Hoje, apenas as ruínas podem ser vistas quando se passa pela trilha da Prainha Branca.

Em 1584, outra fortaleza é erguida em solo guarujaense, a Fortaleza da Barra Grande, localizada na barra do canal de Santos. Hoje, de frente para a cidade de Santos, ela ainda é um monumento bem cuidado que merece visita.

A última Fortaleza a ser construída no Guarujá foi a do Itapema. Construída por volta de 1670, funcionou por pouco mais de 30 anos. Está localizada no distrito de Vicente de Carvalho e é um verdadeiro patrimônio da cidade. Porém, passou séculos no abandono, até que no início do século se transformou num farol, que hoje não funciona mais.

Em 1700 se desenvolveu a primeira atividade comercial que deu certo na ilha. A indústria da Baleia. Está atividade durou até cerca de 1830 e era praticada próxima a Fortaleza de São Felipe, na armação das baleias. Em 1892, a companhia Pedro Chaves adquire o sítio da Glória, na praia de Pitangueiras e tira Guarujá da sua idade das trevas e do esquecimento, fundando a Vila Balneária e passando a investir no turismo na região. Porém, em 1896 o Grande Hotel Guarujá é destruído por um incêndio, sendo depois reconstruído e passando a se chamar Grande Hotel de La Plage.

A partir daí, o Guarujá passou a ser o grande centro de turismo do estado de São Paulo. A alta classe paulista se dirigia à cidade para desfrutar de suas belezas naturais. Logo o Guarujá passou a ser conhecido como a Pérola do Atlântico. Figuras ilustres vinham à cidade, como Santos Dumont, que acabou se suicidando num quarto do Grande Hotel de La Plage, o que lhe rende até hoje uma homenagem na praça da Bandeira, no centro da cidade. Algumas lembranças da época existem até hoje. A locomotiva que trazia os turistas desde Vicente de Carvalho até a Vila Balneária é hoje um monumento localizado na principal esquina da cidade (Av. Leomil com Pugliese). Porém, com a proibição dos Cassinos na década de 40, o Grande Hotel de La Plage entrou em decadência, resistindo por mais quatro anos, sendo demolido na década de 60.

Porém, o Guarujá já fazia parte da vida dos paulistas. Surgiram então os primeiro prédios de veraneio e as primeiras mansões ainda na década de 40. Era o início de uma nova era para o Guarujá. A cidade então cresceu e se desenvolveu. Os edifícios de veraneio foram se multiplicando, passando os limites da praia de Pitangueiras. O custo destes imóveis era cada vez mais barato se tornando mais acessíveis ao público em geral. Com a construção da rodovia Piaçaguera - Guarujá, a cidade teve a chance de crescer mais, acabando com a balsa, que era um entrave para o desenvolvimento.

Hoje, centenas de milhares de turistas se dirigem para a cidade durante o verão para desfrutar de suas praias e de sua vida sempre agitada, com a melhor infra-estrutura turística do Estado de São Paulo.